Каковы распространенные заблуждения в процессе экстракции нуклеиновых кислот с помощью магнитных шариков?

Использование биологических магнитных шариков для экстракции нуклеиновых кислот все еще является относительно новым методом экстракции нуклеиновых кислот в Китае. По сравнению с традиционным методом экстракции изоамиловым спиртом хлороформом и методом набора спин-колонок, этот метод все еще понятен многим людям. Есть также некоторые недоразумения в процессе использования магнитных шариков для очистки нуклеиновых кислот.

Заблуждение 1: чем больше используется магнитных шариков, тем лучше эффект извлечения.

Многие учителя любят увеличивать количество магнитных бусинок, когда эффект извлечения плохой. Они думают, что добавление немного большего количества магнитных шариков может привлечь больше нуклеиновых кислот. Я должен сказать, что эта идея нецелесообразна.

Основная особенность магнитных шариков заключается в том, что они могут быть диспергированы в жидкости или отделены от жидкой фазы в твердом состоянии под действием внешнего магнитного поля. Для любой системы реагентов отношение магнитных шариков к жидкости должно иметь определенный порог, превышающий определенное соотношение. Избыточные магнитные шарики потеряют свои дисперсионные характеристики, потому что они не могут быть равномерно диспергированы в жидкости, и эффективность контакта между магнитными шариками нуклеиновой кислоты. шарики и жидкость не могут быть полностью увеличены в процессе стирки. Избыточные магнитные шарики также будут адсорбировать больше примесей, что имеет большое влияние на эффект удаления примесей. Даже иногда слишком много магнитных шариков адсорбируют протеазу, лизоцим и другие функциональные компоненты, которые играют важную роль в жидкой системе, что приводит к низкой эффективности всего набора. Во многих случаях, когда эффект экстракции плохой, уменьшение количества используемых магнитных шариков — лучший способ улучшить эффект экстракции.

Обычно количество эталонных магнитных шариков, выдаваемое набором для метода магнитных шариков, немного превышает его. Следовательно, нет необходимости часто увеличивать количество магнитных шариков для повышения эффективности адсорбции. Однако, если определено, что эффект экстракции не вызван недостаточным количеством магнитных шариков, можно улучшить эффект экстракции, увеличив количество магнитных шариков в определенном диапазоне.

В качестве примера возьмем магнитные бусины серии GNT-02. При отборе макропроб (ткань растений, цельная кровь и т. Д.) Обычная дозировка составляет 10 мкл / раз; при извлечении следов (таких как бессывороточная ДНК, буккальные мазки и т. д.) магнитные шарики Дозировка составляет 15 ~ 20 мкл / раз. Если вам нужно превысить это использование, вам необходимо связаться с техническим инженером.

Заблуждение 2: чем больше используется реагентов, тем лучше эффект экстракции.

Эффект растрескивания не очень хороший? Добавьте еще буфера для лизиса. Эффект стирки не очень хороший? Добавьте еще моющего средства. Это инерционное мышление многих клиентов при использовании наборов.

Однако для метода магнитных шариков каждое увеличение объема части жидкости снижает вероятность большего количества столкновений магнитных шариков, а уменьшение вероятности столкновений магнитных шариков приведет к значительному падению скорости адсорбции. Следовательно, во многих случаях, хотя добавление раствора для лизиса и промывочного раствора действительно может усилить лизис и улучшить отмывку, суть экстракции магнитных гранул — это эффективность адсорбции нуклеиновых кислот магнитными гранулами. Эффективность столкновения магнитных шариков не может быть гарантирована, но эффективность экстракции нуклеиновой кислоты не может быть гарантирована. Да, поэтому простое увеличение количества реагентов, используемых для улучшения эффекта экстракции, может быть не полностью эффективным.

Для набора геномной ДНК цельной крови GNT-B02 общий лизисный раствор не должен превышать 400 мкл / раз, а промывочный раствор не должен превышать 500 мкл / раз. Если система действительно нуждается в усилении, количество магнитных шариков и образцов также должно быть соответственно увеличено. Это усиление не обязательно в равных пропорциях.

Недоразумение 3: чем больше время стирки, тем лучше эффект отжима.

Если в экстрагированной нуклеиновой кислоте слишком много примесей, пользователь может подумать о промывании несколько раз, чтобы получить более чистую нуклеиновую кислоту. Увеличение количества промывок действительно способствует очистке нуклеиновых кислот, но, учитывая, что каждая промывка будет терять определенное количество нуклеиновой кислоты и увеличивать вероятность фрагментации и гидролиза нуклеиновой кислоты, обычно целесообразно контролировать количество промывок на От 2 до 4 раз.

Для серии наборов GNT время промывки одного набора для очистки составляет 2 раза, время промывки наборов для растений и животных — 3 раза, а время промывки наборов крови — 3-4 раза.

Заблуждение 4: чем больше образцов используется, тем лучше эффект извлечения.

Когда образец недостаточно свежий или само содержание нуклеиновой кислоты низкое, эффект экстракции нуклеиновой кислоты часто бывает плохим, и многие учителя будут использовать несколько образцов для увеличения количества экстракции нуклеиновой кислоты.

Однако простое увеличение объема отбора пробы может иногда привести к появлению слишком большого количества примесей, превышающих лизирующую способность лизата, а также к снижению эффективности экстракции. Поэтому не рекомендуется просто увеличивать объем отбора пробы для достижения цели увеличения объема экстракции.

Если объем экстракции действительно слишком мал из-за недостаточного объема пробы, рекомендуется перед началом экстракции пройти этап обогащения или концентрирования. Или увеличение полноты лизиса и раскрытие большего количества нуклеиновых кислот также является решением.

Недоразумение 5: Если определенный вид магнитной бусины хорош, он должен быть эффективным во всех тестах.

Существует множество типов магнитных шариков, разный размер частиц, разная дисперсия, разное время магнитного отклика, разная базовая матрица покрытия, разные внешние модифицированные функциональные группы, разная плотность покрытия и разная длина плеча функциональных групп, что приведет к появлению магнитных шариков. сильно.

Следовательно, эксперименты и системы, к которым приспосабливаются разные магнитные шарики, также различны. Так же, как реагенты для экстракции нуклеиновых кислот, формулы не совсем такие же, и свойства магнитных шариков, которые также используются для экстракции нуклеиновых кислот, не совсем такие же.

Некоторые магнитные шарики показывают более высокую эффективность адсорбции при экстракции постоянной нуклеиновой кислоты, а некоторые магнитные шарики более подходят для экстракции следов нуклеиновой кислоты. Некоторые магнитные шарики подходят для более кислых систем реагентов, а некоторые магнитные шарики подходят для более щелочных систем реагентов. Некоторые магнитные шарики обладают хорошей магнитной чувствительностью, но высокой скоростью оседания, что больше подходит для автоматического экстрактора с магнитным стержнем; некоторые магнитные шарики имеют медленную скорость оседания, но длительное время магнитного отклика, и больше подходят для автоматического экстрактора пипеточного типа.

Редко бывает что-то вроде магнитных бусинок, которые можно было бы применить во всех экспериментальных ситуациях. За исключением фиксированного набора, в большинстве случаев магнитные шарики и систему реагентов необходимо регулировать в течение определенного периода времени.

Недоразумение 6: По сравнению с определенным комплектом, эффект плохой, то есть магнитные бусины плохие

В процессе проверки магнитных шариков многие клиенты просто заменяют магнитные шарики на такое же количество под зрелой системой реагентов, чтобы сравнить эффекты магнитных шариков.

Таким образом, легко сделать вывод, что определенные магнитные шарики неэффективны, но на самом деле, поскольку разные магнитные шарики подходят для разных систем и дозировок, их часто необходимо отрегулировать для получения лучших результатов экстракции.