¿Cuáles son los malentendidos del método de perlas magnéticas para la extracción de ácidos nucleicos?

El uso de perlas magnéticas biológicas para extraer ácido nucleico sigue siendo un método de extracción de ácido nucleico relativamente nuevo en China. En comparación con el método tradicional de extracción con alcohol isoamílico y el método del kit de columna giratoria, muchas personas todavía entienden este método sin darse cuenta. También hay algunos malentendidos en el proceso de purificación de ácidos nucleicos por el método de la perla.

Malentendido 1: Cuantas más perlas magnéticas se utilicen, mejor será el efecto de extracción

A muchos profesores les gusta aumentar la cantidad de perlas magnéticas cuando el efecto de extracción no es bueno. Piensan que agregar un poco más de perlas magnéticas puede atraer más ácidos nucleicos. Debo decir que esta idea no es aconsejable.

La característica principal de las perlas magnéticas es que pueden dispersarse en un líquido o separarse de una fase líquida en un estado sólido bajo la acción de un campo magnético externo. Para cualquier sistema de reactivos, la proporción de perlas magnéticas a líquido debe tener un cierto umbral, superando una cierta proporción Las perlas magnéticas excesivas perderán sus características de dispersión porque no pueden dispersarse uniformemente en el líquido, y la eficiencia del contacto entre el ácido nucleico magnético perlas y el líquido no se pueden aumentar completamente durante el proceso de lavado.

Un exceso de perlas magnéticas también absorberá más impurezas, lo que tiene una gran influencia en el efecto de eliminación de impurezas. Incluso a veces, demasiadas perlas magnéticas adsorberán proteasa, lisozima y otros componentes funcionales que desempeñan un papel importante en el sistema líquido, lo que da como resultado una baja eficiencia de todo el kit. En muchos casos, cuando el efecto de extracción no es bueno, reducir la cantidad de perlas magnéticas utilizadas es la mejor manera de mejorar el efecto de extracción.

Normalmente, la cantidad de perlas magnéticas de referencia proporcionada por el kit del método de perlas magnéticas es ligeramente excesiva. Por lo tanto, a menudo no es necesario aumentar la cantidad de perlas magnéticas para mejorar la eficiencia de adsorción. Sin embargo, si se determina que el efecto de extracción no es causado por una cantidad insuficiente de perlas magnéticas, es posible mejorar el efecto de extracción aumentando la cantidad de perlas magnéticas dentro de un cierto rango.

Malentendido 2: cuantos más reactivos se utilicen, mejor será el efecto de extracción

¿El efecto de craqueo no es bueno? Agregue más tampón de lisis. ¿El efecto de lavado no es bueno? Agrega más detergente. Este es el pensamiento inercial de muchos clientes en el uso de kits.

Sin embargo, para el método de perlas magnéticas, cada aumento en el volumen del líquido reduce la probabilidad de más colisiones de perlas magnéticas, y la reducción de la probabilidad de colisiones de perlas magnéticas dará como resultado una caída significativa en la tasa de adsorción.

Por lo tanto, en muchos casos, aunque la adición de solución de lisis y solución de lavado puede mejorar la lisis y mejorar el lavado, el núcleo de la extracción de perlas magnéticas es la eficacia de la adsorción de ácidos nucleicos por perlas magnéticas. No se puede garantizar la eficacia de la colisión de perlas magnéticas, pero no se puede garantizar la eficacia de la extracción de ácido nucleico. Sí, por lo que simplemente aumentar la cantidad de reactivos utilizados para mejorar el efecto de extracción puede no ser completamente efectivo.

Malentendido 3: Cuantos más tiempos de lavado, mejor es el efecto de extracción

Cuando hay demasiadas impurezas en el ácido nucleico extraído, el usuario considerará lavarse varias veces para obtener un ácido nucleico más puro. El aumento del número de lavados conduce de hecho a la purificación de los ácidos nucleicos, pero considerando que cada lavado perderá una cierta cantidad de ácido nucleico y aumentará la posibilidad de fragmentación e hidrólisis del ácido nucleico, generalmente es apropiado controlar el número de lavados en 2 a 4 veces.

Malentendido 4: Cuantas más muestras se utilicen, mejor será el efecto de extracción

Cuando la muestra no está lo suficientemente fresca o el contenido de ácido nucleico en sí es bajo, el efecto de extracción de ácido nucleico a menudo no es bueno y muchos profesores usarán múltiples muestras para aumentar la cantidad de extracción de ácido nucleico.

Sin embargo, el simple aumento del volumen de muestreo de la muestra a veces puede introducir demasiadas impurezas, excediendo la capacidad de lisado del lisado y también reducir la eficiencia de extracción. Por lo tanto, no se recomienda simplemente aumentar el volumen de muestreo de la muestra para lograr el propósito de aumentar el volumen de extracción.

Si el volumen de extracción es demasiado bajo debido a un volumen de muestra insuficiente, se recomienda pasar por el paso de enriquecimiento o concentración antes de comenzar la extracción. O aumentar la integridad de la lisis y exponer más ácidos nucleicos también es una solución.

Malentendido 5: si un cierto tipo de cuenta magnética es bueno, debería ser eficaz en todas las pruebasv

Hay muchos tipos de perlas magnéticas, diferente tamaño de partícula, diferente dispersión, diferente tiempo de respuesta magnética, diferente matriz de base de recubrimiento, diferente grupo funcional modificado externo, diferente densidad de recubrimiento, diferente longitud del brazo del grupo funcional, lo que dará lugar a perlas magnéticas Las características varían mucho .

Por lo tanto, los experimentos y sistemas a los que se adaptan las diferentes perlas magnéticas también son diferentes. Al igual que los reactivos para la extracción de ácidos nucleicos, las fórmulas no son exactamente las mismas y las propiedades de las perlas magnéticas que también se utilizan para la extracción de ácidos nucleicos no son exactamente las mismas.

Algunas perlas magnéticas muestran una mayor eficiencia de adsorción en la extracción de ácido nucleico constante, y algunas perlas magnéticas son más adecuadas para la extracción de trazas de ácido nucleico. Algunas perlas magnéticas son adecuadas para sistemas de reactivos más ácidos, y algunas perlas magnéticas son adecuadas para sistemas de reactivos más alcalinos. Algunas perlas magnéticas tienen una buena capacidad de respuesta magnética pero una velocidad de asentamiento rápida, que es más adecuada para el sistema de extracción automática de varilla magnética; algunas perlas magnéticas tienen una velocidad de sedimentación lenta pero un tiempo de respuesta magnético prolongado, y son más adecuadas para el sistema de extracción automática de pipetas.

Rara vez existe un tipo de perlas magnéticas que se pueda aplicar a todas las situaciones experimentales. A excepción del kit fijo, en la mayoría de los casos, las perlas magnéticas y el sistema de reactivos deben ajustarse durante un cierto período de tiempo.

Malentendido 6: en comparación con un determinado kit, el efecto no es bueno, es decir, las perlas magnéticas no son buenas

En el proceso de cribado de perlas magnéticas, muchos clientes simplemente reemplazan las perlas magnéticas con la misma cantidad bajo el sistema de reactivo maduro para comparar los efectos de las perlas magnéticas.

De esta manera, es fácil concluir que ciertas perlas magnéticas no son efectivas, pero de hecho, debido a que diferentes perlas magnéticas son adecuadas para diferentes sistemas y dosis, a menudo es necesario ajustarlas para obtener mejores resultados de extracción.